Werner Graf ist bei der Berlinwahl am 26. September 2021 über die Landesliste von Bündnis 90/Die Grünen ins Berliner Abgeordnetenhaus gewählt worden und seit 1997 Mitglied bei den Grünen. Seit März 2022 ist er zudem Fraktionsvorsitzender, erst zusammen mit Silke Gebel und seit März 2023 zusammen mit Bettina Jarasch. Von 2016 bis 2021 war er Landesvorsitzender von Bündnis 90/Die Grünen Berlin. Er war Sprecher der Grünen Jugend im Bund, Herausgeber des von ihm gegründeten Hanf-Journals und lange kommunalpolitisch in Friedrichhain-Kreuzberg aktiv. Seine Schwerpunkte sind vor allem moderne Mobilität, Drogenpolitik und eine vielfältige und weltoffene Gesellschaft.

Werner Graf setzt sich für eine Mobilitätswende ein, die nicht mehr das Auto, sondern den Menschen in den Vordergrund stellt. Mit mehr Radwegen, einem dichteren ÖPNV-Takt – vor allem in den Außenbezirken – sowie autofreien Kiezen und Kiezblocks in der ganzen Stadt. Das bedeutet: Weniger Lärm und Abgase, mehr Sicherheit und Raum für den Fuß- und Radverkehr und für alle mehr Platz zum Leben. In der Drogenpolitik kämpft er seit Ende der Neunziger Jahre u.a. für eine Legalisierung von Cannabis.

Als Landesvorsitzender der Berliner Grünen hat Werner Graf einen grundlegenden Diversity-Prozess angestoßen, um die Partei vielfältiger, gerechter und zukunftsfähig zu machen.